Nøkkelinformasjon info chevron_right

Viktig informasjon i saken hentes i sanntid direkte fra EPO sitt register (European Patent Register), slik at du enkelt og raskt får oversikt i saken.
Beskrivelse Verdi
Saken / databasen er sist oppdatert info  
Tittel SINGLE CELL WHOLE GENOME LIBRARIES FOR METHYLATION SEQUENCING
Status
Hovedstatus
Detaljstatus 		I kraft info EP patent gjort gjeldende i Norge EP patent besluttet gjeldende i Norge
Patentnummer NO/EP3981884
Europeisk (EP) publiserings nummer EP3981884
EP levert
EP søknadsnummer 21203166.0
EP meddelt
Avdelt fra EP3635136
Prioritet 2017.06.07, US 201762516324 P
Sakstype Europeisk
Løpedag
Utløpsdato
Allment tilgjengelig
Validert i Norge
Innehaver Oregon Health & Science University (US)
Oppfinner ADEY, Andrew C (US) .... se mer/flere nedenfor
Fullmektig Novagraaf Brevets (FR)
Lenke til European patent Register Informasjon i saken, dokumenter og patentfamilie
Patentfamilie Se i Espacenet

Sammendrag og figur info chevron_right

EPO translation logo


Se forsidefigur og sammendrag i Espacenet

Beskrivelse og krav info chevron_right

T3

Beskrivelse

Krav

PATENTKRAV1. Fremgangsmåte for å fremstille et sekvenseringsbibliotek for å bestemme metyleringsstatusen til nukleinsyrer fra en flerhet av enkeltceller, idet fremgangsmåten omfatter å:(a) tilveiebringe isolerte cellekjerner fra en flerhet av celler;(b) utsette de isolerte kjernene for en kjemisk behandling for å generere nukleosom-tomme kjerner, og samtidig opprettholde integriteten til de isolerte kjernene;(c) fordele undersett av de nukleosom-tomme kjernene i en første flerhet av kammere som omfatter et transposomkompleks, hvor transposomkomplekset i hvert kammer omfatter en første indekssekvens som er forskjellig fra første indekssekvenser i de andre kammerne;(d) fragmentere nukleinsyrer i undersettene av nukleosom-tomme kjerner til en flerhet av nukleinsyrefragmenter og inkorporere de første indekssekvensene i minst én tråd av nukleinsyrefragmentene for å generere indekserte kjerner;(e) kombinere de indekserte kjernene for å generere sammenslåtte indekserte kjerner;(f) fordele undersett av de sammenslåtte indekserte kjernene i en andre flerhet av kammere og utsette de indekserte kjernene for behandling for å identifisere metylerte nukleotider og for å generere behandlede nukleinsyrefragmenter, valgfritt hvor behandlingen omfatter bisulfitt eller hydrazin; (g) amplifisere de behandlede nukleinsyrefragmentene i hvert kammer ved lineær amplifisering med en flerhet av primere som omfatter en universell nukleotidsekvens i 5'-enden og en tilfeldig nukleotidsekvens i 3'-enden for å generere amplifiserte fragment-adaptermolekyler;(h) inkorporere en andre indekssekvens i de amplifiserte fragmentadaptermolekylene for å generere fragment-adaptermolekyler med dobbelindeks, hvor den andre indekssekvensen i hvert kammer er forskjellig fra andre indekssekvenser i de andre kammerne; og(i) kombinere fragment-adaptermolekylene med dobbelindeks, og derved fremstille et sekvenseringsbibliotek for å bestemme metyleringsstatusen til nukleinsyrer fra flerheten av enkeltceller, valgfritt hvor fordelingen i trinn (c) og (f) utføres ved fluorescensaktivert kjernesortering.2. Fremgangsmåten ifølge krav 1, hvor behandlingen identifiserer metylerte CpG-dinukleotidsekvenser, eller hvor den lineære amplifiseringen av de behandlede nukleinsyrefragmentene omfatter 1 til 10 sykluser, eller hvor den universelle nukleotidsekvensen i 5'-enden av primerne i trinn (g) omfatter en andre sekvenseringsprimersekvens, eller hvor den tilfeldige nukleotidsekvensen i 3'-enden av primerne i trinn (g) består av 9 tilfeldige nukleotider.3. Fremgangsmåte for å fremstille et sekvenseringsbibliotek for å bestemme metyleringsstatusen til nukleinsyrer fra en flerhet av enkeltceller, idet fremgangsmåten omfatter å:(a) tilveiebringe isolerte cellekjerner fra en flerhet av celler;(b) utsette de isolerte kjernene for en kjemisk behandling for å generere nukleosom-tomme kjerner, og samtidig opprettholde integriteten til de isolerte kjernene;(c) fordele undersett av de nukleosom-tomme kjernene i en første flerhet av kammere som omfatter et transposomkompleks, hvor transposomkomplekset i hvert kammer omfatter en første indekssekvens som er forskjellig fra første indekssekvenser i de andre kammerne;(d) fragmentere nukleinsyrer i undersettene av nukleosom-tomme kjerner til en flerhet av nukleinsyrefragmenter og inkorporere de første indekssekvensene i minst én tråd av nukleinsyrefragmentene for å generere indekserte kjerner;(e) kombinere de indekserte kjernene for å generere sammenslåtte indekserte kjerner; (f) fordele undersett av de sammenslåtte indekserte kjernene i en andre flerhet av kammere og utsette de indekserte kjernene for behandling for å identifisere metylerte nukleotider og for å generere behandlede nukleinsyrefragmenter, valgfritt hvor behandlingen omfatter bisulfitt eller hydrazin; (g) ligere de behandlede nukleinsyrefragmentene i hvert kammer til en universell adapter for å generere ligerte fragment-adaptermolekyler;(h) inkorporere en andre indekssekvens i de ligerte fragmentadaptermolekylene for å generere fragment-adaptermolekyler med dobbelindeks, hvor den andre indekssekvensen i hvert kammer er forskjellig fra andre indekssekvenser i de andre kammerne; og(i) kombinere fragment-adaptermolekylene med dobbelindeks, og derved fremstille et sekvenseringsbibliotek for å bestemme metyleringsstatusen til nukleinsyrer fra flerheten av enkeltceller, valgfritt hvor fordelingen i trinn (c) og (f) utføres ved fluorescensaktivert kjernesortering.4. Fremgangsmåten ifølge krav 1 eller krav 3, hvor den kjemiske behandlingen omfatter en behandling med et kaotropisk middel som er i stand til å forstyrre nukleinsyre-protein-interaksjoner, valgfritt hvor det kaotropiske middelet omfatter litiumdijodsalisylat, eller hvor den kjemiske behandlingen omfatter en behandling med et vaskemiddel som er i stand til å forstyrre nukleinsyre-proteininteraksjoner, valgfritt hvor vaskemiddelet omfatter natriumdodecylsulfat (SDS), ytterligere valgfritt hvor cellene behandles med et kryssbindende middel før trinn (a), ytterligere valgfritt hvor det kryssbindende middelet er formaldehyd5. Fremgangsmåten ifølge krav 1 eller krav 3, hvor undersettene av nukleosom-tomme kjerner omfatter omtrent like antall kjerner, valgfritt hvor undersettene av nukleosom-tomme kjerner omfatter fra 1 til ca. 2000 kjerner. 6. Fremgangsmåten ifølge krav 1 eller krav 3, hvor den første flerheten av kammere er en flerbrønnsplate, valgfritt hvor flerbrønnsplaten er en 96-brønnsplate eller en 384-brønnsplate, eller hvor den andre flerheten av kammere er en flerbrønnsplate, valgfritt hvor flerbrønnsplaten er en 96-brønnsplate eller en 384-brønnsplate. 7. Fremgangsmåten ifølge krav 1 eller krav 3, hvor undersettene av de sammenslåtte indekserte kjernene omfatter omtrent like antall kjerner, valgfritt hvor undersettene av de sammenslåtte indekserte kjernene omfatter fra 1 til ca.25 kjerner, eller hvor undersettene av de sammenslåtte indekserte kjernene omfatter minst 10 ganger færre kjerner enn undersettene av de nukleosom-tomme kjernene, valgfritt hvor undersettene av de sammenslåtte indekserte kjernene omfatter minst 100 ganger færre kjerner enn undersettene av de nukleosom-tomme kjernene. 8. Fremgangsmåten ifølge krav 1 eller krav 3, hvor hvert av transposomkompleksene omfatter transposaser og transposoner, idet hvert av transposonene omfatter en overført tråd, valgfritt hvor den overførte tråden ikke omfatter en cytosinrest, ytterligere valgfritt hvor den overførte tråden omfatter den første indekssekvensen, ytterligere valgfritt hvor den overførte tråden videre omfatter en første universell sekvens og en første sekvenseringsprimersekvens.9. Fremgangsmåten ifølge krav 3, hvor behandlingen identifiserer metylerte CpG-dinukleotidsekvenser.10. Fremgangsmåten ifølge krav 3, videre omfattende å tilsette én eller flere nukleotider til 3'-endene av de behandlede nukleinsyrefragmentene for å skape et 3'-overheng før ligeringen av den universelle adapteren, valgfritt hvor tilsetningen av én eller flere nukleotider utføres ved hjelp av en terminal transferase, ytterligere valgfritt hvor den universelle adapteren omfatter et overheng som er omvendt komplementært til 3'-overhenget i de behandlede nukleinsyrefragmentene.11. Fremgangsmåten ifølge krav 1 eller krav 3, hvor inkorporeringen av den andre indekssekvensen i trinn (h) omfatter å bringe fragment-adaptermolekylene med dobbelindeks i hvert kammer i kontakt med en første universell primer og en andre universell primer, som hver omfatter en indekssekvens, og å utføre en eksponentiell amplifiseringsreaksjon, valgfritt hvor indekssekvensen til den første universelle primeren er det omvendte komplementet til indekssekvensen til den andre universelle primeren, eller hvor indekssekvensen til den første universelle primeren er forskjellig fra det omvendte komplementet til indekssekvensen til den andre universelle primeren. 12. Fremgangsmåten ifølge krav 1 eller krav 11, hvor den første universelle primeren videre omfatter en første innfangingssekvens og en første ankersekvens som er komplementær til en universell sekvens i 3'-enden av fragmentadaptermolekylene med dobbelindeks, valgfritt hvor den første innfangingssekvensen omfatter P5-primersekvensen, eller hvor den andre universelle primeren videre omfatter en andre innfangingssekvens og en andre ankersekvens som er komplementær til en universell sekvens i 5'-enden av fragment-adaptermolekylene med dobbelindeks, valgfritt hvor den andre innfangingssekvensen omfatter det omvendte komplementet til P7-primersekvensen.13. Fremgangsmåten ifølge krav 1 eller krav 11, hvor den eksponentielle amplifiseringsreaksjonen omfatter en polymerasekjedereaksjon (PCR), valgfritt hvor PCR-en omfatter 15 til 30 sykluser.14. Fremgangsmåten ifølge krav 1 eller krav 3, som videre omfatter en anrikning av målnukleinsyrer ved bruk av en flerhet av innfangingsoligonukleotider som har spesifisitet for målnukleinsyrene, valgfritt hvor innfangingsoligonukleotidene er immobilisert på en overflate av et fast substrat, eller hvor innfangingsoligonukleotidene omfatter et første medlem av et universelt bindingspar, og hvor et andre medlem av bindingsparet er immobilisert på en overflate av et fast substrat.15. Fremgangsmåten ifølge krav 1 eller krav 3, som videre omfatter valg av fragment-adaptermolekylene med dobbelindeks som faller innenfor et forhåndsbestemt størrelsesområde, eller videre omfatter sekvensering av fragment-adaptermolekylene med dobbelindeks for å bestemme metyleringsstatusen til nukleinsyrer fra flerheten av enkeltceller.16. Fremgangsmåten ifølge krav 15, videre omfattende:å tilveiebringe en overflate som omfatter en flerhet av amplifiseringssteder, hvor amplifiseringsstedene omfatter minst to populasjoner av festede enkelttrådede nukleinsyrer som har en fri 3'-ende, ogå bringe overflaten omfattende amplifiseringssteder i kontakt med sekvenseringsbiblioteket under betingelser som er egnet til å produsere en flerhet av amplifiseringssteder som hvert omfatter en klonal populasjon av amplikoner fra et individuelt fragment-adaptermolekyl med dobbelindeks, valgfritt hvor antallet fragment-adaptermolekyler med dobbelindeks overstiger antallet amplifiseringssteder, hvor fragment-adaptermolekylene med dobbelindeks har fluidisk tilgang til amplifiseringsstedene, og hvor hvert av amplifiseringsstedene omfatter en kapasitet for flere fragment-adaptermolekyler med dobbelindeks i sekvenseringsbiblioteket, eller hvor å bringe i kontakt omfatter samtidig (i) transport av fragmentadaptermolekylene med dobbelindeks til amplifiseringsstedene ved en gjennomsnittlig transporthastighet, og (ii) amplifisering av fragmentadaptermolekylene med dobbelindeks som er på amplifiseringsstedene ved en gjennomsnittlig amplifiseringshastighet, hvor den gjennomsnittlige amplifiseringshastigheten overstiger den gjennomsnittlige transporthastigheten.17. Sammensetning som omfatter undersett av nukleosom-tomme kjerner som omfatter nukleinsyrefragmenter som omfatter en første indekssekvens, og behandlet for å identifisere metylerte nukleotider, hvor den første indekssekvensen er forskjellig for hvert av undersettene av nukleosom-tomme kjerner.18. Sammensetningen ifølge krav 17, hvor nukleinsyrefragmentene omfatter metyleringsstatusavhengig kjemisk modifisering av CpG-sekvenser.19. Sammensetningen ifølge krav 17, hvor nukleinsyrefragmentene videre omfatter en universell sekvens og/eller en første sekvenseringsprimersekvens.20. Sammensetningen ifølge hvilket som helst av kravene 17–19, hvor den første indeksen, den universelle sekvensen og/eller den første sekvenseringsprimersekvensen er cytosin-tom.21. Sammensetningen ifølge krav 17, videre omfattende transposomkomplekser.22. Sekvenseringsbiblioteket fremstilt ved fremgangsmåten ifølge krav 1 eller krav 3.______________________
Hva betyr A1, B, B1, C osv? info

Klasser info chevron_right

IPC-klasse

C12Q 1/6806  

Innehaver(e) info chevron_right

Innehaver i EP:
Oregon Health & Science University
3181 S.W. Sam Jackson Park Road Portland, Oregon 97239 US
Illumina, Inc.
5200 Illumina Way San Diego, CA 92122 US

Oppfinner(e) info chevron_right

ADEY, Andrew C
Portland, Oregon 97239 US
MULQUEEN, Ryan
Portland, Oregon 97239 US
STEEMERS, Frank J.
San Diego, California 92122 US
POKHOLOK, Dmitry K.
San Diego, California 92122 US
NORBERG, Steven
San Diego, California 92122 US

Fullmektig info chevron_right

Fullmektig i Norge:
Novagraaf Brevets
Bâtiment O2, 2 rue Sarah Bernhardt CS90017 92665 ASNIÈRES-SUR-SEINE CEDEX FR
Din referanse: BB226824EPNO
Fullmektig i EP:
Robinson, David Edward Ashdown
Marks & Clerk LLP 1 New York Street Manchester M1 4HD GB

Prioritet info chevron_right

2017.06.07, US 201762516324 P

Anførte dokumenter info chevron_right

D. A. CUSANOVICH ET AL: "Multiplex single-cell profiling of chromatin accessibility by combinatorial cellular indexing", SCIENCE, vol. 348, no. 6237, 21 May 2015 (2015-05-21), pages 910-914, XP055416774, US ISSN: 0036-8075, DOI: 10.1126/science.aab1601 (B1)

SÉBASTIEN A SMALLWOOD ET AL: "Single-cell genome-wide bisulfite sequencing for assessing epigenetic heterogeneity", NATURE METHODS, vol. 11, no. 8, 1 August 2014 (2014-08-01) , pages 817-820, XP055503729, New York ISSN: 1548-7091, DOI: 10.1038/nmeth.3035 (B1)

SARAH A VITAK ET AL: "Sequencing thousands of single-cell genomes with combinatorial indexing", NATURE METHODS, vol. 14, no. 3, 30 January 2017 (2017-01-30), pages 302-308, XP055416420, New York ISSN: 1548-7091, DOI: 10.1038/nmeth.4154 (B1)

Sakshistorikk info chevron_right

Statushistorie

Liste over statusendringer i sakshistorikk
Hovedstatus Beslutningsdato, detaljstatus
EP patent gjort gjeldende i Norge EP patent besluttet gjeldende i Norge
EP under behandling Forespørsel om å gjøre EP patent gyldig er mottatt

Korrespondanse

expand_more file_download  
Liste over sakshistorikk og korrespondanse
Dato Type korrespondanse Journal beskrivelse
Innkommende EP Publiseringsdokument fra EPO
17-01 EP Publiseringsdokument fra EPO EP Publiseringsdokument fra EPO
Innkommende EP Publiseringsdokument fra EPO
16-01 EP Publiseringsdokument fra EPO EP Publiseringsdokument fra EPO
Innkommende EP Publiseringsdokument fra EPO
15-01 EP Publiseringsdokument fra EPO EP Publiseringsdokument fra EPO
Innkommende EP Publiseringsdokument fra EPO
14-01 EP Publiseringsdokument fra EPO EP Publiseringsdokument fra EPO
Innkommende EP Publiseringsdokument fra EPO
13-01 EP Publiseringsdokument fra EPO EP Publiseringsdokument fra EPO
Innkommende EP Publiseringsdokument fra EPO
12-01 EP Publiseringsdokument fra EPO EP Publiseringsdokument fra EPO
Innkommende EP Publiseringsdokument fra EPO
11-01 EP Publiseringsdokument fra EPO EP Publiseringsdokument fra EPO
Utgående EP Varsel om betaling av første årsavgift (3319) (PTEP3981884)
10-01 Brev UT EP Varsel om betaling av første årsavgift (3319) (PTEP3981884)
Innkommende EP Publiseringsdokument fra EPO
09-01 EP Publiseringsdokument fra EPO EP Publiseringsdokument fra EPO
Innkommende EP Publiseringsdokument fra EPO
08-01 EP Publiseringsdokument fra EPO EP Publiseringsdokument fra EPO
Innkommende EP Publiseringsdokument fra EPO
07-01 EP Publiseringsdokument fra EPO EP Publiseringsdokument fra EPO
Innkommende EP Publiseringsdokument fra EPO
06-01 EP Publiseringsdokument fra EPO EP Publiseringsdokument fra EPO
Innkommende EP Publiseringsdokument fra EPO
05-01 EP Publiseringsdokument fra EPO EP Publiseringsdokument fra EPO
Utgående EP Registreringsbrev (3210) (PTEP3981884)
04-01 Brev UT EP Registreringsbrev (3210) (PTEP3981884)
Innkommende Korrespondanse (Hovedbrev inn)
03-01 Korrespondanse (Hovedbrev inn) Korrespondanse (Hovedbrev inn)
03-02 Fullmakt PE960233NOAQ signed POA - lL_11607051
03-03 Fullmakt PE960233NOAQ signed POA - OHSU_11607052
03-04 EP oversettelse V465015NO00-ClaimsNO_11613017
03-05 Hovedbrev V465015NO00-NO_Validation_Request
Innkommende Søknadsskjema Patent
01-01 Søknadsskjema Patent Søknadsskjema Patent
01-02 Annet dokument FORM_B1_BB226824EPNO
01-03 Fullmakt POAs_BB226824EPNO
01-04 EP Krav TRANSL_NO_BB226824EPNO
01-05 Hovedbrev VAL_FORM_BB226824EPNO
Innkommende EP Publiseringsdokument fra EPO
02-01 EP Publiseringsdokument fra EPO EP Publiseringsdokument fra EPO
Informasjon om ikke tilgjengelige dokumenter

Betaling info chevron_right

Til betaling:

Beskrivelse Forfallsdato Beløp Status
Årsavgift expand_less Ikke betalt
Årsavgift 8. avg. år (EP) 3320,0 Totalbeløp 3320,0   Gå til betaling

Betalingshistorikk:

Liste av betalinger
Beskrivelse / Fakturanummer Betalingsdato Beløp Betaler Status
Årsavgift 7. avg. år (EP) 2024.06.18 2860 PAVIS PAYMENTS GMBH Betalt og godkjent
32311103 expand_more 2023.09.12 5500 Novagraaf Brevets Betalt
Denne oversikten kan mangle informasjon, spesielt for eldre saker, om tilbakebetaling, internasjonale varemerker og internasjonale design.

Publikasjon(er) info chevron_right

Lenker til publikasjoner og Norsk Patenttidende (søkbare tekstdokumenter)

Oversettelse av europeisk patentskrift
Allment tilgjengelig patentsøknad
Norsk Patenttidende - ved meddelelse
Nye digitale Norske Tidende, nyhet om tjenesten ved lansering
Om Norske Tidende
Hva betyr A1, B, B1, C osv? info
Kapitler uten data er fjernet. Melding opprettet: 02.05.2025 05:47:51