Nøkkelinformasjon info chevron_right

Viktig informasjon i saken hentes i sanntid direkte fra EPO sitt register (European Patent Register), slik at du enkelt og raskt får oversikt i saken.
Beskrivelse Verdi
Saken / databasen er sist oppdatert info  
Tittel SINGLE CELL WHOLE GENOME LIBRARIES FOR METHYLATION SEQUENCING
Status
Hovedstatus
Detaljstatus 		I kraft info EP patent gjort gjeldende i Norge EP patent besluttet gjeldende i Norge
Patentnummer NO/EP3635136
Europeisk (EP) publiserings nummer EP3635136
EP levert
EP søknadsnummer 18734381.9
EP meddelt
Avdelt til EP3981884;
Prioritet 2017.06.07, US 201762516324 P
Sakstype Europeisk
Løpedag
Utløpsdato
Allment tilgjengelig
Validert i Norge
Innehaver Oregon Health & Science University (US)
Oppfinner ADEY, Andrew C. (US) .... se mer/flere nedenfor
Fullmektig ZACCO NORWAY AS (NO)
Lenke til European patent Register Informasjon i saken, dokumenter og patentfamilie
Patentfamilie Se i Espacenet

Sammendrag og figur info chevron_right

EPO translation logo


Se forsidefigur og sammendrag i Espacenet

Beskrivelse og krav info chevron_right

T3

Beskrivelse

Krav

Patentkrav1. En fremgangsmåte for å fremstille et sekvenseringsbibliotek for å bestemme metyleringsstatusen av nukleinsyrer fra en flerhet av enkeltceller, hvor fremgangsmåten omfatter:(a) å tilveiebringeisolerte kjerner fra en flerhet av celler;(b) å underkaste de isolerte kjernene for en kjemisk behandling for å generere nukleosom-utarmede kjerner, mens integriteten av de isolerte kjernene opprettholdes;(c) å distribuere undersett av de nukleosom-utarmede kjernene inn i en første flerhet av rom som omfatter et transposom-kompleks, hvor transposom-komplekset i hvert rom omfatter en første indekssekvens som er forskjellig fra første indekssekvenser i de andre rommene;(d) å fragmentere nukleinsyrer i undersettene av nukleosom-utarmede kjerner inn i en flerhet av nukleinsyrefragmenter og å inkorporere den første indekssekvensens inn i minst én tråd av nukleinsyrefragmentene for å generere indekserte kjerner;(e) å kombinere de indekserte kjernene for å generere sammenslåtte indekserte kjerner;(f) å distribuere undersett av de sammenslåtte indekserte kjernene inn i en andre flerhet av rom og å underkaste de indekserte kjernene for bisulfitt-behandling for å generere bisulfitt-behandlede nukleinsyrefragmenter;(g) å amplifisere de bisulfitt-behandlede nukleinsyrefragmentene i hvert rom ved lineær amplifisering med en flerhet av primere som omfatter en universell nukleotidsekvens ved 5’-enden og en tilfeldig nukleotidsekvens ved 3’-enden for å generere amplifiserte fragment-adapter molekyler; (h) å inkorporere en andre indekssekvens inn i de amplifiserte fragmentadapter molekylene for å generere dual-indeks fragment-adapter molekyler, hvor den andre indekssekvensen i hvert rom er forskjellig fra andre indekssekvenser i de andre rommene; og(i) å kombinere de dual-indeks fragment-adapter molekylene, for derved å produsere et sekvenseringsbibliotek for å bestemme metyleringsstatusen av nukleinsyrer fra flerheten av enkeltceller, eventuelt hvor distribusjonen i trinn (c) og (f) blir utført ved fluorescensaktivert kjernesortering.2. Fremgangsmåten ifølge krav 1, hvor bisulfitt-behandlingen konverterer umetylerte cytosinrester av CpG dinukleotider til uracilrester og etterlater 5-metylcytosinrester uendret, eller hvor den lineære amplifiseringen av de bisulfittbehandlede nukleinsyrefragmentene omfatter 1 til 10 sykluser, eller hvor den universelle nukleotidsekvensen ved 5’-enden av primerne i trinn (g) omfatter en andre sekvenseringsprimersekvens, eller hvor den tilfeldige nukleotidsekvensen ved 3’-enden av primerne i trinn (g) består av 9 tilfeldige nukleotider.3. En fremgangsmåte for å fremstille et sekvenseringsbibliotek for å bestemme metyleringsstatusen til nukleinsyrer fra en flerhet av enkeltceller, hvor fremgangsmåten omfatter:(a) å tilveiebringe isolerte kjerner fra en flerhet av celler;(b) å underkaste de isolerte kjernene for en kjemisk behandling for å generere nukleosom-utarmede kjerner, mens integriteten av de isolerte kjernene opprettholdes;(c) å distribuere undersett av de nukleosom-utarmede kjernene inn i en første flerhet av rom som omfatter et transposom-kompleks, hvor transposom-komplekset i hvert rom omfatter en første indekssekvens som er forskjellig fra første indekssekvenser i de andre rommene;(d) å fragmentere nukleinsyrer i undersettene av nukleosom-utarmede kjerner inn i en flerhet av nukleinsyrefragmenter og å inkorporere den første indekssekvensens inn i minst én tråd av nukleinsyrefragmentene for å generere indekserte kjerner; (e) å kombinere de indekserte kjernene for å generere sammenslåtte indekserte kjerner;(f) å distribuere undersett av de sammenslåtte indekserte kjernene inn i en andre flerhet av rom og å underkaste de indekserte kjernene for bisulfitt-behandling for å generere bisulfitt-behandlede nukleinsyrefragmenter;(g) å ligere bisulfitt-behandlede nukleinsyrefragmenter i hvert rom til en universell adapter for å generere ligerte fragment-adapter molekyler; (h) å inkorporere en andre indekssekvens inn i de ligerte fragment-adapter molekylene for å generere dual-indeks fragment-adapter molekyler, hvor den andre indekssekvensen i hvert rom er forskjellig fra andre indekssekvenser i de andre rommene; og(i) å kombinere de dual-indeks fragment-adapter molekylene, for derved å produsere et sekvenseringsbibliotek for å bestemme metyleringsstatusen av nukleinsyrer fra flerheten av enkeltceller, eventuelt hvor distribusjonen i trinn (c) og (f) blir utført ved fluorescensaktivert kjernesortering.4. Fremgangsmåten ifølge krav 1 eller krav 3, hvor den kjemiske behandlingen omfatter en behandling med et kaotropt middel som er i stand til å forstyrre nukleinsyre-protein-interaksjoner, eventuelt hvor det kaotrope midlet omfatter litiumdijodsalisylat, eller hvor den kjemiske behandlingen omfatter en behandling med en detergent som er i stand til å forstyrre nukleinsyre-protein-interaksjoner, eventuelt hvor detergenten omfatter natriumdodecylsulfat (SDS), videre eventuelt hvor cellene er behandlet med et kryssbindingsmiddel før trinn (a), videre eventuelt hvor kryssbindingsmidlet er formaldehyd.5. Fremgangsmåten ifølge krav 1 eller krav 3, hvor undersettene av de nukleosom-utarmede kjernene omfatter omtrent samme antall av kjerner, eventuelt hvor undersettene av de nukleosom-utarmede kjernene omfatter fra 1 til rundt 2000 kjerner. 6. Fremgangsmåten ifølge krav 1 eller krav 3, hvor den første flerheten av rom er en multi-brønns plate, eventuelt hvor multi-brønns platen er en 96-brønns plate eller en 384-brønns plate, eller hvor den andre flerheten av rom er en multi-brønns plate, eventuelt hvor multi-brønns platen er en 96-brønns plate eller en 384-brønns plate.7. Fremgangsmåten ifølge krav 1 eller krav 3, hvor undersettene av de sammenslåtte indekserte kjernene omfatter omtrent samme antall av kjerner, eventuelt hvor undersettene av de sammenslåtte indekserte kjernene omfatter fra 1 til rundt 25 kjerner, eller hvor undersettene av de sammenslåtte indekserte kjernene inkluderer minst 10 ganger færre kjerner enn undersettene av de nukleosom-utarmede kjernene, eventuelt hvor undersettene av de sammenslåtte indekserte kjernene inkluderer minst 100 ganger færre kjerner enn undersettene av de nukleosom-utarmede kjernene.8. Fremgangsmåten ifølge krav 1 eller krav 3, hvor hvert av transposomkompleksene omfatter transposaser og transposoner, hvor hvert av transposonene omfatter en overført tråd, eventuelt hvor den overførte tråden ikke omfatter en cytosinrest, videre eventuelt hvor den overførte tråden omfatter den første indekssekvensen, videre eventuelt hvor den overførte tråden videre omfatter en første universell sekvens og en første sekvenseringsprimersekvens.9. Fremgangsmåten ifølge krav 3, hvor bisulfitt-behandlingen konverterer umetylerte cytosinrester av CpG dinukleotider til uracilrester og etterlater 5-metylcytosinrester uendret.10. Fremgangsmåten ifølge krav 3, som videre omfatter å tilsette ett eller flere nukleotider til 3’-endene av de bisulfitt-behandlede nukleinsyrefragmentene for å skape et 3’-overheng før ligeringen av den universelle adapteren, eventuelt hvor tilsettingen av ett eller flere nukleotider blir utført ved å anvende en terminal transferase, videre eventuelt hvor den universelle adapteren omfatter et overheng som er reverst komplementært til 3’-overhenget i de bisulfitt-behandlede nukleinsyrefragmentene. 11. Fremgangsmåten ifølge krav 1 eller krav 3, hvor inkorporeringen av den andre indekssekvensen i trinn (h) omfatter å kontakte de dual-indeks fragmentadapter molekylene i hvert rom med en første universell primer og en andre universell primer, hvor hver omfatter en indekssekvens, og å utføre en eksponentiell amplifikasjonsreaksjon, eventuelt hvor indekssekvensen av den første universelle primeren er det reverse komplementet til indekssekvensen av den andre universelle primeren, eller hvor indekssekvensen av den første universelle primeren er forskjellig fra det reverse komplementet til indekssekvensen av den andre universelle primeren.12. Fremgangsmåten ifølge krav 1 eller krav 11, hvor den første universelle primeren videre omfatter en første innfangingssekvens og en første ankersekvens komplementær til en universell sekvens ved 3’-enden av de dual-indeks fragmentadapter molekylene, eventuelt hvor den førte innfangingssekvensen omfatter P5-primersekvensen, eller hvor den andre universelle primeren videre omfatter en andre innfangingssekvens og en andre ankersekvens komplementær til en universell sekvens ved 5’-enden av de dual-indeks fragment-adapter molekylene, eventuelt hvor den andre innfangingssekvensen omfatter det reverse komplementet til P7-primersekvensen.13. Fremgangsmåten ifølge krav 1 eller krav 11, hvor den eksponentielle amplifikasjons reaksjon omfatter en polymerasekjedereaksjon (PCR), eventuelt hvor PCR-en omfatter 15 til 30 sykluser.14. Fremgangsmåten ifølge krav 1 eller krav 3, som videre omfatter en anrikning av målnukleinsyrer ved å anvende en flerhet av innfangingsoligonukleotider som har spesifisitet for målnukleinsyrene, eventuelt hvor innfangingsoligonukleotidene er immobilisert på en overflate av et fast substrat, eller hvor innfangingsoligonukleotidene omfatter et første medlem av et universelt bindingspar, og hvor et andre medlem av bindingsparet er immobilisert på en overflate av et fast substrat. 15. Fremgangsmåten ifølge krav 1 eller krav 3, som videre omfatter seleksjon av de dual-indeks fragment-adapter molekylene som faller innenfor et forhåndsbestemt størrelsesområde, eller som videre omfatter sekvensering av de dualindeks fragment-adapter molekylene for å bestemme metyleringsstatusen til nukleinsyrer fra flerheten av enkeltceller.16. Fremgangsmåten ifølge krav 15 som avhengig av krav 1, som videre omfatter:å tilveiebringe en overflate som omfatter en flerhet av amplifikasjonsseter, hvor amplifikasjonssetene omfatter minst to populasjoner av festede enkelt trådede nukleinsyrer som har en fri 3’-ende, ogå kontakte overflaten som omfatter amplifikasjonsseter med sekvenseringsbiblioteket under betingelser egnet til å produsere en flerhet av amplifikasjonsseter som hver omfatter en klonal populasjon av amplikoner fra et individuelt dual-indeks fragment-adapter molekyl, eventuelt hvor antallet av de dual-indeks fragment-adapter molekylene overskrider antallet av amplifikasjonsseter, hvor de dual-indeks fragmentadapter molekylene har fluidtilgang til amplifikasjonssetene, og hvor hver av amplifikasjonssetene omfatter en kapasitet for flere dual-indeks fragment-adapter molekyler i sekvenseringsbiblioteket,eller hvor det å kontakte omfatter simultant (i) å transportere de dualindeks fragment-adapter molekylene til amplifikasjonssetene med en gjennomsnittlig transporthastighet, og (ii) å amplifisere de dual-indeks fragment-adapter molekylene som er ved amplifikasjonssetene med en gjennomsnittlig amplifikasjonshastighet, hvor den gjennomsnittlige amplifikasjonshastigheten overstiger den gjennomsnittlige transporthastigheten.17. Fremgangsmåten ifølge krav 15 som avhengig av krav 3, som videre omfatter: å tilveiebringe en overflate som omfatter en flerhet av amplifikasjonsseter, hvor amplifikasjonssetene omfatter minst to populasjoner av festede enkelt trådede nukleinsyrer som har en fri 3’-ende, ogå kontakte overflaten som omfatter amplifikasjonsseter med sekvenseringsbiblioteket under betingelser egnet til å produsere en flerhet av amplifikasjonsseter som hver omfatter en klonal populasjon av amplikoner fra et individuelt dual-indeks fragment-adapter molekyl, eventuelt hvor antallet av de dual-indeks fragment-adapter molekylene overskrider antallet av amplifikasjonsseter, hvor de dual-indeks fragmentadapter molekylene har fluidtilgang til amplifikasjonssetene, og hvor hver av amplifikasjonssetene omfatter en kapasitet for flere dual-indeks fragment-adapter molekyler i sekvenseringsbiblioteket, eller hvor det å kontakte omfatter simultant (i) å transportere de dual-indeks fragmentadapter molekylene til amplifikasjonssetene med en gjennomsnittlig transporthastighet, og (ii) å amplifisere de dual-indeks fragment-adapter molekylene som er ved amplifikasjonssetene med en gjennomsnittlig amplifikasjonshastighet, hvor den gjennomsnittlige amplifikasjonshastigheten overstiger den gjennomsnittlige transporthastigheten.
Hva betyr A1, B, B1, C osv? info

Klasser info chevron_right

IPC-klasse

C12Q 1/6806  

Innehaver(e) info chevron_right

Innehaver i EP:
Oregon Health & Science University
3181 S.W. Sam Jackson Park Road Portland, Oregon 97239 US
Illumina, Inc.
5200 Illumina Way San Diego, CA 92122 US

Oppfinner(e) info chevron_right

ADEY, Andrew C.
3181 S.W. Sam Jackson Park Rd. Portland, OR 97239 US
MULQUEEN, Ryan
3181 S.W. Sam Jackson Park Rd. Portland, OR 97239 US
STEEMERS, Frank J.
5200 Illumina Way San Diego, CA 92122 US
POKHOLOK, Dmitry K.
5200 Illumina Way San Diego, CA 92122 US
NORBERG, Steven
5200 Illumina Way San Diego, CA 92122 US

Fullmektig info chevron_right

Fullmektig i Norge:
ZACCO NORWAY AS
Postboks 488 0213 OSLO NO ( OSLO kommune, Oslo fylke )

Org.nummer: 982702887
Din referanse: V346091NO00
  • Foretaksnavn:
  • Foretaksform:
  • Næring:
  • Forretningsadresse:
     

Kilde: Brønnøysundregistrene
Fullmektig i EP:
Robinson, David Edward Ashdown
Marks & Clerk LLP 1 New York Street Manchester M1 4HD GB

Prioritet info chevron_right

2017.06.07, US 201762516324 P

Anførte dokumenter info chevron_right

SÉBASTIEN A SMALLWOOD ET AL: "Single-cell genome-wide bisulfite sequencing for assessing epigenetic heterogeneity", NATURE METHODS, vol. 11, no. 8, 1 August 2014 (2014-08-01) , pages 817-820, XP055503729, New York ISSN: 1548-7091, DOI: 10.1038/nmeth.3035 (B1)

SARAH A VITAK ET AL: "Sequencing thousands of single-cell genomes with combinatorial indexing", NATURE METHODS, vol. 14, no. 3, 30 January 2017 (2017-01-30), pages 302-308, XP055416420, New York ISSN: 1548-7091, DOI: 10.1038/nmeth.4154 (B1)

Sakshistorikk info chevron_right

Statushistorie

Liste over statusendringer i sakshistorikk
Hovedstatus Beslutningsdato, detaljstatus
EP patent gjort gjeldende i Norge EP patent besluttet gjeldende i Norge
EP under behandling Forespørsel om å gjøre EP patent gyldig er mottatt

Korrespondanse

expand_more file_download  
Liste over sakshistorikk og korrespondanse
Dato Type korrespondanse Journal beskrivelse
Innkommende EP Publiseringsdokument fra EPO
26-01 EP Publiseringsdokument fra EPO EP Publiseringsdokument fra EPO
Innkommende EP Publiseringsdokument fra EPO
25-01 EP Publiseringsdokument fra EPO EP Publiseringsdokument fra EPO
Innkommende EP Publiseringsdokument fra EPO
24-01 EP Publiseringsdokument fra EPO EP Publiseringsdokument fra EPO
Innkommende EP Publiseringsdokument fra EPO
23-01 EP Publiseringsdokument fra EPO EP Publiseringsdokument fra EPO
Innkommende EP Publiseringsdokument fra EPO
22-01 EP Publiseringsdokument fra EPO EP Publiseringsdokument fra EPO
Innkommende EP Publiseringsdokument fra EPO
21-01 EP Publiseringsdokument fra EPO EP Publiseringsdokument fra EPO
Innkommende EP Publiseringsdokument fra EPO
20-01 EP Publiseringsdokument fra EPO EP Publiseringsdokument fra EPO
Innkommende EP Publiseringsdokument fra EPO
19-01 EP Publiseringsdokument fra EPO EP Publiseringsdokument fra EPO
Innkommende EP Publiseringsdokument fra EPO
18-01 EP Publiseringsdokument fra EPO EP Publiseringsdokument fra EPO
Innkommende EP Publiseringsdokument fra EPO
17-01 EP Publiseringsdokument fra EPO EP Publiseringsdokument fra EPO
Innkommende EP Publiseringsdokument fra EPO
16-01 EP Publiseringsdokument fra EPO EP Publiseringsdokument fra EPO
Innkommende EP Publiseringsdokument fra EPO
15-01 EP Publiseringsdokument fra EPO EP Publiseringsdokument fra EPO
Innkommende EP Publiseringsdokument fra EPO
14-01 EP Publiseringsdokument fra EPO EP Publiseringsdokument fra EPO
Innkommende EP Publiseringsdokument fra EPO
13-01 EP Publiseringsdokument fra EPO EP Publiseringsdokument fra EPO
Innkommende EP Publiseringsdokument fra EPO
12-01 EP Publiseringsdokument fra EPO EP Publiseringsdokument fra EPO
Innkommende EP Publiseringsdokument fra EPO
11-01 EP Publiseringsdokument fra EPO EP Publiseringsdokument fra EPO
Innkommende EP Publiseringsdokument fra EPO
10-01 EP Publiseringsdokument fra EPO EP Publiseringsdokument fra EPO
Innkommende EP Publiseringsdokument fra EPO
09-01 EP Publiseringsdokument fra EPO EP Publiseringsdokument fra EPO
Innkommende EP Publiseringsdokument fra EPO
08-01 EP Publiseringsdokument fra EPO EP Publiseringsdokument fra EPO
Innkommende EP Publiseringsdokument fra EPO
07-01 EP Publiseringsdokument fra EPO EP Publiseringsdokument fra EPO
Innkommende EP Publiseringsdokument fra EPO
06-01 EP Publiseringsdokument fra EPO EP Publiseringsdokument fra EPO
Utgående EP Varsel om betaling av første årsavgift (3319) (PTEP3635136)
05-01 Via Altinn-sending EP Varsel om betaling av første årsavgift (3319) (PTEP3635136)
Utgående EP Registreringsbrev (3210) (PTEP3635136)
04-01 Brev UT EP Registreringsbrev (3210) (PTEP3635136)
Utgående Søknadskvittering
03-01 Via Altinn-sending Søknadskvittering
Innkommende Søknadsskjema Patent
01-01 Søknadsskjema Patent Søknadsskjema Patent
01-02 Hovedbrev NO_Validation_Request_Nov_23,_2021_194055
01-03 Fullmakt V160328NO POA signed Illumina_8818841
01-04 Fullmakt V160328NO POA Signed Oregon Health and Science University_8818842
01-05 EP oversettelse V346091NO00-Claims-NO 185818
Innkommende EP Publiseringsdokument fra EPO
02-01 EP Publiseringsdokument fra EPO EP Publiseringsdokument fra EPO
Informasjon om ikke tilgjengelige dokumenter

Betaling info chevron_right

Til betaling:

Beskrivelse Forfallsdato Beløp Status
Årsavgift expand_less Ikke betalt
Årsavgift 8. avg. år (EP) 3320,0 Totalbeløp 3320,0   Gå til betaling

Betalingshistorikk:

Liste av betalinger
Beskrivelse / Fakturanummer Betalingsdato Beløp Betaler Status
Årsavgift 7. avg. år (EP) 2024.06.18 2860 PAVIS PAYMENTS GMBH Betalt og godkjent
Årsavgift 6. avg. år (EP) 2023.06.08 2000 CPA GLOBAL LIMITED Betalt og godkjent
Årsavgift 5. avg. år (EP) 2022.06.09 1650 CPA GLOBAL LIMITED Betalt og godkjent
32117892 expand_more 2021.12.07 5500 ZACCO NORWAY AS Betalt
Denne oversikten kan mangle informasjon, spesielt for eldre saker, om tilbakebetaling, internasjonale varemerker og internasjonale design.

Publikasjon(er) info chevron_right

Lenker til publikasjoner og Norsk Patenttidende (søkbare tekstdokumenter)

Oversettelse av europeisk patentskrift
Allment tilgjengelig patentsøknad
Norsk Patenttidende - ved meddelelse
Nye digitale Norske Tidende, nyhet om tjenesten ved lansering
Om Norske Tidende
Hva betyr A1, B, B1, C osv? info
Kapitler uten data er fjernet. Melding opprettet: 28.05.2025 06:20:00