Nøkkelinformasjon info chevron_right

Viktig informasjon i saken hentes i sanntid direkte fra EPO sitt register (European Patent Register), slik at du enkelt og raskt får oversikt i saken.
Beskrivelse Verdi
Saken / databasen er sist oppdatert info  
Tittel METHOD AND SYSTEMS FOR THE RECONSTRUCTION OF GENOMIC REFERENCE SEQUENCES FROM COMPRESSED GENOMIC SEQUENCE READS
Status
Hovedstatus
Detaljstatus 		I kraft info EP patent gjort gjeldende i Norge EP patent besluttet gjeldende i Norge
Patentnummer NO/EP3583249
Europeisk (EP) publiserings nummer EP3583249
EP levert
EP søknadsnummer 17896453.2
EP meddelt
Prioritet 2017.02.14, WO PCT/US17/017842, .... se mer/flere nedenfor
Sakstype Europeisk
Løpedag
Utløpsdato
Allment tilgjengelig
Validert i Norge
Innehaver Genomsys SA (CH)
Oppfinner BALUCH, Mohamed Khoso (US) .... se mer/flere nedenfor
Fullmektig Nordic Patent Service A/S (DK)
Lenke til European patent Register Informasjon i saken, dokumenter og patentfamilie
Patentfamilie Se i Espacenet

Sammendrag og figur info chevron_right

EPO translation logo


Se forsidefigur og sammendrag i Espacenet

Beskrivelse og krav info chevron_right

T3

Beskrivelse

Krav

Krav1. En datamaskin implementert metode for koding av justerte genomsekvensdata som omfatter avlesninger av nukleotidsekvenser, der metoden ombefatter trinnene:• justere avlesningene for én eller flere referansesekvenser, og dermed opprette justerte avlesninger, • kartlegge, på én eller flere referansesekvenser, og de justerte avlesningene som skal kodes,• sammenfatte de justerte avlesningene for derved å skape en overlappende sekvens,• sammenligne én eller flere referansesekvenser og den overlappende sekvensen, og dermed innhente informasjon relatert til posisjonene til uoverensstemmelser og typen av uoverensstemmelser mellom én eller flere referansesekvenser og overlappende sekvensen,• entropikoding av den informasjon som relaterer til posisjonen til uoverensstemmelsene og typen av uoverensstemmelser, og• der hvor informasjonen som relaterer til posisjonen til uoverensstemmelsene og typen av uoverensstemmelser indikeres ved hjelp av henholdsvis den første deskriptoren (203) og den andre deskriptoren (204), og den første deskriptoren og den andre deskriptoren er innkapslet i samme Tilgangsenhet for å muliggjøre, ved bruke av dekodingsenheten, den selektive rekonstruksjonen av en eller flere referansesekvenser som brukes til justeringen.2. Metoden i krav 1, der sammenfatningen av de justerte avlesningene omfatter trinnet med å velge ut, for hver posisjon på en eller flere av referansesekvensene, det nukleotidet som er tilstede med den høyeste frekvensen i de justerte avlesningene ved den posisjonen.3. Metoden i krav 1 eller 2, der lengden på den overlappende sekvensen defineres som inndataparameter for koderen, eller dynamisk tilpasset av koderen, fortrinnsvis så blir den første deskriptoren binærisert ved hjelp av en oppdelt enhetsmessig avkortet unary-binærisering, der den oppdelte enhetsmessige avkortede unary-binæriseringen er en sammensetting av gjentatte avkortede unary-binæriseringer. Og hver avkortede unary-binærisering blir anvendt på deler av verdien som skal binæriseres er N-bits lange, der N er et forhåndsvalgt parameter, der lengden på den overlappende sekvensen innbefattes i en syntaksoverskrift. 4. Metoden i krav 3, der lengden på den overlappende sekvensen innbefattes i en syntaksoverskrift, og den første deskriptoren blir binærisert ved hjelp av en delt enhetsmessig avkortet unarybinæriseringer. Og den delte enhetsmessig avkortede unary-binæriseringen er en sammensetting av gjentatte avkortede unary-binæriseringer, der hver avkortede unary-binærisering som blir brukt på deler av verdien som skal binæriseres er N bit lange, der N er et forhåndsvalgt parameter, og der den andre deskriptoren blir binærisert ved hjelp av en avkortet unary-binærisering, der verdien til den andre deskriptoren blir fulgt av en null, og hvis verdien er lik den største mulige verdien som skal binæriseres blir det etterfølgende 0-bittet forkastet.5. Metoden i krav 3, der metoden ikke koder informasjon som tilsier bruken av en spesifikk referansesekvens.6. Et apparat for koding av genomsekvensdata, der genomsekvensdataene ombefatter avlesninger av sekvenser for nukleotider, og dette apparatet gjør det mulig å:• justere avlesningene for én eller flere referansesekvenser, og dermed opprette justerte avlesninger, • kartlegge, på én eller flere referansesekvenser, og de justerte avlesningene som skal kodes,• sammenfatte de justerte avlesningene for derved å skape en overlappende sekvens,• sammenligne én eller flere referansesekvenser og den overlappende sekvensen, og dermed innhente informasjon relatert til posisjonene til uoverensstemmelser og typen av uoverensstemmelser mellom én eller flere referansesekvenser og overlappende sekvensen,• entropikode den informasjon som relaterer til posisjonen til uoverensstemmelsene og typen av uoverensstemmelser, og• der hvor informasjonen som relaterer til posisjonen til uoverensstemmelsene og typen av uoverensstemmelser indikeres ved hjelp av henholdsvis den første deskriptoren (203) og den andre deskriptoren (204), og den første deskriptoren og den andre deskriptoren er innkapslet i samme Tilgangsenhet for å muliggjøre, ved bruke av dekodingsenheten, den selektive rekonstruksjonen av en eller flere referansesekvenser som brukes til justeringen.7. Apparatet i krav 6, som i tillegg omfatter mulighetene for å gjennomføre kodingsmetodene i hvilket som helst av kravene 2 til 5. 8. En datamaskin implementert metode for dekoding av kodede genomsekvensdata, som ombefatter trinnene:analysere den kodede inndatafilen, slik at du får tilgangsenheter for de genomiske dataene, entropidekodings informasjon som relaterer til posisjonen til en uoverensstemmelse og typen uoverensstemmelser som finnes i en overlappende sekvens, ogModifisere den overlappende sekvensen ved hjelp av informasjonen som relaterer til posisjoner og typer av uoverensstemmelser, for derved å hente ut en eller flere referansesekvenser som brukes til justeringen før komprimering. Der modifisering av den overlappende sekvensen ved hjelp av informasjonen som relaterer til posisjoner og typer uoverensstemmelser, for derved hente ut en eller flere referansesekvenser ombefatter videre entropidekoding av den første deskriptoren (203) og den andre deskriptoren (204), og videre ombefatter det dekapsulering fra samme tilgangsenhet av den første deskriptoren og den andre deskriptoren, for å derved oppnå en selektiv rekonstruksjon av en eller flere referansesekvenser.9. Metoden i krav 8, som videre ombefatter dekoding av lengden på den overlappende sekvensen fra en syntaksoverskrift som er tilstede i inndatafilen.10. Metoden i krav 8, som videre ombefatter en omvendt binærisering av den første deskriptoren, der den første deskriptoren blir binærisert ved hjelp av en oppdelt enhetsmessig avkortet unarybinærisering, der den delte enhetsmessige avkortede unary-binæriseringen er en sammensetting av gjentatte avkortede unary-binæriseringer. Der hver avkortet unary-binærisering anvendes på deler av verdien som skal binæriseres er N-bit lange, der N er et forhåndsvalgt parameter, som fortrinnsvis også ombefatter en omvendt binærisering av den andre deskriptoren der den andre deskriptoren blir binærisert ved hjelp av en avkortet unary-binærisering, der verdien av den andre deskriptoren etterfølges av null, og hvis verdien er lik den største mulige verdien som skal binæriseres, blir den etterfølgende 0-bittet forkastet.11. Metoden i krav 8, der inndatafilen ikke inneholder informasjon som tilsier bruken av en bestemt referansesekvens.12. Et apparat for dekoding av kodede genomsekvensdata, som gjør det mulig å:analysere den kodede inndatafilen, slik at du får tilgangsenheter for de genomiske dataene, entropidekode informasjon som relaterer til posisjonen til en uoverensstemmelse og typen uoverensstemmelser som finnes i en overlappende sekvens, ogModifisere den overlappende sekvensen ved hjelp av informasjonen som relaterer til posisjoner og typer av uoverensstemmelser, for derved å hente ut en eller flere referansesekvenser som brukes til justeringen før komprimering. Der modifisering av den overlappende sekvensen ved hjelp av informasjonen som relaterer til posisjoner og typer uoverensstemmelser, for derved hente ut en eller flere referansesekvenser ombefatter videre entropidekoding av den første deskriptoren (203) og den andre deskriptoren (204), og videre ombefatter det dekapsulering fra samme tilgangsenhet av den første deskriptoren og den andre deskriptoren, for å derved oppnå en selektiv rekonstruksjon av en eller flere referansesekvenser.13. Apparatet i krav 12, som videre gjør det mulig å utføre dekodingsmetoden i et hvilket som helst av kravene 9 til 11.14. Et datamaskin avlesbart medium som kan lagre instruksjoner som, når de utføres av én eller flere prosessorer, får én eller flere prosessorer til å gjennomføre fremgangsmåten i hvilket som helst av kravene 1-5.15. Et datamaskin avlesbart medium som kan lagre instruksjoner som, når de utføres av én eller flere prosessorer, får én eller flere prosessorer til å gjennomføre fremgangsmåten i hvilket som helst av kravene 8-11.
Hva betyr A1, B, B1, C osv? info

Klasser info chevron_right

Innehaver(e) info chevron_right

Innehaver i EP:
Genomsys SA
Fondation EPFL Innovation Park Batiment C 1015 Lausanne CH

Oppfinner(e) info chevron_right

BALUCH, Mohamed Khoso
4439 Woodsedge Court Chantilly, Virginia 20151 US
ALBERTI, Claudio
1 chemin des Esserts 1213 Petit-Lancy CH

Fullmektig info chevron_right

Fullmektig i Norge:
Nordic Patent Service A/S
Bredgade 30 1260 KØBENHAVN K DK
Din referanse: V2310-008-NO
Fullmektig i EP:
Metroconsult Srl
Foro Bonaparte 51 20121 Milano IT

Prioritet info chevron_right

2017.02.14, WO PCT/US17/017842

2017.07.11, WO PCT/US17/041579

Anførte dokumenter info chevron_right

Anonymous: "CRAM format specification (version 3.0)", , 8 September 2016 (2016-09-08), XP002771305, Retrieved from the Internet: URL:https://samtools.github.io/hts-specs/C RAMv3.pdf [retrieved on 2017-06-22] (B1)

BAO et al.: "AlignGraph: algorithm for secondary de novo genome assembly guided by closely related references. AlignGraph: algorithm for secondary de novo genome assembly guided by closely related references", Bioinformatics, vol. 30, no. 12 15 June 2014 (2014-06-15), pages i319-i328, XP055535457, Retrieved from the Internet: URL:https://doi.org/10.1093/bioinformatics /btu291 (B1)

DAILY et al.: "Data structures and compression algorithms for high-throughput sequencing technologies", BMC Bioinformatics, vol. 11, 14 October 2010 (2010-10-14), pages 1-12, XP021071841, (B1)

TATWAWADI et al.: "GTRAC: fast retrieval from compressed collections of genomic variants", Bioinformatics, vol. 32, no. 17 1 September 2016 (2016-09-01), pages i479-i486, XP055535444, Retrieved from the Internet: URL:doi: 10.1093/bioinformatics/btw437 (B1)

Mihai Pop ET AL: "Comparative genome assembly", Briefings in bioinformatics, 1 September 2004 (2004-09-01), pages 237-248, XP55742204, England DOI: 10.1093/bib/5.3.237 Retrieved from the Internet: URL:http://ccb.jhu.edu/people/salzberg/doc s/AMOScmp-reprint.pdf (B1)

PANNEEL: "Implementation and optimization of CABAC in a genomic data compression framework with support for random access", Department of Electronics and Information Systems, August 2015 (2015-08), XP055535469, Retrieved from the Internet: URL:https://lib.ugent.be/tulltxt/ROG01/002 /224/797/RUG01-002224797 _2015_000 1_AC.pdf [retrieved on 2018-03-27] (B1)

K. SCHNEEBERGER ET AL: "Reference-guided assembly of four diverse Arabidopsis thaliana genomes", PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES, vol. 108, no. 25, 21 June 2011 (2011-06-21), pages 10249-10254, XP055222736, ISSN: 0027-8424, DOI: 10.1073/pnas.1107739108 (B1)

Sakshistorikk info chevron_right

Statushistorie

Liste over statusendringer i sakshistorikk
Hovedstatus Beslutningsdato, detaljstatus
EP patent gjort gjeldende i Norge EP patent besluttet gjeldende i Norge
EP under behandling Forespørsel om å gjøre EP patent gyldig er mottatt

Korrespondanse

expand_more file_download  
Liste over sakshistorikk og korrespondanse
Dato Type korrespondanse Journal beskrivelse
Innkommende EP Publiseringsdokument fra EPO
19-01 EP Publiseringsdokument fra EPO EP Publiseringsdokument fra EPO
Innkommende EP Publiseringsdokument fra EPO
18-01 EP Publiseringsdokument fra EPO EP Publiseringsdokument fra EPO
Innkommende EP Publiseringsdokument fra EPO
17-01 EP Publiseringsdokument fra EPO EP Publiseringsdokument fra EPO
Innkommende EP Publiseringsdokument fra EPO
16-01 EP Publiseringsdokument fra EPO EP Publiseringsdokument fra EPO
Innkommende EP Publiseringsdokument fra EPO
15-01 EP Publiseringsdokument fra EPO EP Publiseringsdokument fra EPO
Innkommende EP Publiseringsdokument fra EPO
14-01 EP Publiseringsdokument fra EPO EP Publiseringsdokument fra EPO
Innkommende EP Publiseringsdokument fra EPO
13-01 EP Publiseringsdokument fra EPO EP Publiseringsdokument fra EPO
Innkommende EP Publiseringsdokument fra EPO
12-01 EP Publiseringsdokument fra EPO EP Publiseringsdokument fra EPO
Innkommende EP Publiseringsdokument fra EPO
11-01 EP Publiseringsdokument fra EPO EP Publiseringsdokument fra EPO
Innkommende EP Publiseringsdokument fra EPO
10-01 EP Publiseringsdokument fra EPO EP Publiseringsdokument fra EPO
Innkommende EP Publiseringsdokument fra EPO
09-01 EP Publiseringsdokument fra EPO EP Publiseringsdokument fra EPO
Innkommende EP Publiseringsdokument fra EPO
08-01 EP Publiseringsdokument fra EPO EP Publiseringsdokument fra EPO
Innkommende EP Publiseringsdokument fra EPO
07-01 EP Publiseringsdokument fra EPO EP Publiseringsdokument fra EPO
Utgående EP Varsel om betaling av første årsavgift (3319) (PTEP3583249)
06-01 Via Altinn-sending EP Varsel om betaling av første årsavgift (3319) (PTEP3583249)
Utgående EP Registreringsbrev (3210) (PTEP3583249)
05-01 Brev UT EP Registreringsbrev (3210) (PTEP3583249)
Innkommende, AR578487434 Korrespondanse (Hovedbrev inn)
04-01 Korrespondanse (Hovedbrev inn) Korrespondanse (Hovedbrev inn)
04-02 Annet dokument PDF_578487434
04-03 Fullmakt V2310-008-NO Signed PoA
Utgående EP Formelle mangler
03-01 Via Altinn-sending EP Formelle mangler
Innkommende, AR573795342 Søknadsskjema Patent
01-01 Søknadsskjema Patent Søknadsskjema Patent
01-02 Annet dokument PDF_573795342
01-03 EP Krav V2310-008-NO Claims
Innkommende EP Publiseringsdokument fra EPO
02-01 EP Publiseringsdokument fra EPO EP Publiseringsdokument fra EPO
Informasjon om ikke tilgjengelige dokumenter

Betaling info chevron_right

Til betaling:

Neste fornyelse/årsavgift:

Betalingshistorikk:

Liste av betalinger
Beskrivelse / Fakturanummer Betalingsdato Beløp Betaler Status
Årsavgift 8. avg. år (EP) 2024.12.18 3320 PATRIZIA MARGHERITA LOTTE PFEFFER Betalt og godkjent
Årsavgift 7. avg. år (EP) 2023.12.20 2200 EUROPEAN PATENT ANNUITY SERVICE, Betalt og godkjent
32312822 expand_more 2023.10.16 5580 Nordic Patent Service A/S Betalt
Denne oversikten kan mangle informasjon, spesielt for eldre saker, om tilbakebetaling, internasjonale varemerker og internasjonale design.

Publikasjon(er) info chevron_right

Lenker til publikasjoner og Norsk Patenttidende (søkbare tekstdokumenter)

Oversettelse av europeisk patentskrift
Allment tilgjengelig patentsøknad
Norsk Patenttidende - ved meddelelse
Nye digitale Norske Tidende, nyhet om tjenesten ved lansering
Om Norske Tidende
Hva betyr A1, B, B1, C osv? info
Kapitler uten data er fjernet. Melding opprettet: 26.04.2025 04:05:21