Nøkkelinformasjon info chevron_right

Viktig informasjon i saken hentes i sanntid direkte fra EPO sitt register (European Patent Register), slik at du enkelt og raskt får oversikt i saken.
Beskrivelse Verdi
Saken / databasen er sist oppdatert info  
Tittel METHOD AND APPARATUS FOR COMPACT REPRESENTATION OF BIOINFORMATICS DATA
Status
Hovedstatus
Detaljstatus 		I kraft info EP patent gjort gjeldende i Norge EP patent besluttet gjeldende i Norge
Patentnummer NO/EP3526711
Europeisk (EP) publiserings nummer EP3526711
EP levert
EP søknadsnummer 16791320.1
EP meddelt
Prioritet Ingen
Sakstype Europeisk
Løpedag
Utløpsdato
Allment tilgjengelig
Validert i Norge
Innehaver Genomsys SA (CH)
Oppfinner ZOIA, Giorgio (CH) .... se mer/flere nedenfor
Fullmektig Nordic Patent Service A/S (DK)
Lenke til European patent Register Informasjon i saken, dokumenter og patentfamilie
Patentfamilie Se i Espacenet

Sammendrag og figur info chevron_right

EPO translation logo


Se forsidefigur og sammendrag i Espacenet

Beskrivelse og krav info chevron_right

T3

Beskrivelse

Krav

Patentkrav1. Datamaskinimplementert fremgangsmåte for komprimering av genomsekvensdata, idet nevnte genomsekvensdata omfatter reads av sekvenser av nukleotider,idet nevnte fremgangsmåte omfatter trinnene av:- å aligne nevnte reads med én eller flere referansesekvenser, idet det derved skapes alignede reads,- å klassifisere nevnte alignede reads i forskjellige klasser som i det minste omfatter: - en første klasse: når nevnte alignede reads stemmer overens med nevnte ene eller flere referansesekvenser uten noen som helst feil;- en andre klasse: når nevnte alignede reads stemmer overens med et område i nevnte ene eller flere referansesekvenser med et antall overensstemmelsesfeil som dannes av et antall posisjoner i hvilke sekvenseringsmaskinen ikke var i stand til å navngi en hvilken som helst base;- en tredje klasse: når nevnte alignede reads stemmer overens med et område i nevnte ene eller flere referansesekvenser med et antall overensstemmelsesfeil som dannes av et antall posisjoner i hvilke sekvenseringsmaskinen ikke var i stand til å navngi en hvilken som helst base eller den navnga en annerledes base enn den som var rapportert i referansegenomet;- en fjerde klasse: når nevnte alignede reads stemmer overens med et område i nevnte ene eller flere referansesekvenser med et antall overensstemmelsesfeil som dannes av et antall posisjoner i hvilke sekvenseringsmaskinen ikke var i stand til å navngi en hvilken som helst base; eller den navnga en forskjellig base enn den som ble rapportert i referansegenomet og ved tilstedeværelse av insersjoner eller delesjoner eller avskårne nukleotider;- en femte klasse: når nevnte alignede reads ikke finner noen gyldig mapping på nevnte ene eller flere referansesekvenser i henhold til spesifiserte alignmentbegrensninger, idet det derved skapes klasser av alignede reads;- å kode nevnte klassifiserte og alignede reads som en multiplisitet av lag av syntakselementer som defineres av deskriptorer som entydig representerer genomsekvens-reads, idet nevnte deskriptorer omfatter for nevnte første klasse i det minste startposisjonen på referansesekvensen, et flagg som signalerer hvis readen skal betraktes som et revers-komplement i forhold til referansen, en avstand til det overensstemmende par i tilfelle parede reads, verdien av lengden i tilfelle sekvenseringsteknologien produserer reads av variabel lengde, idet nevnte deskriptorer omfatter for nevnte andre klasse i det minste deskriptorene av nevnte første klasse og en overensstemmelsesfeil-posisjon for hver overensstemmelsesfeil, idet nevnte deskriptorer omfatter for nevnte tredje klasse deskriptorene av nevnte andre klasse og en overensstemmelsesfeil-posisjon og en overensstemmelsesfeil-type for hver overensstemmelsesfeil, idet nevnte deskriptorer omfatter for nevnte fjerde klasse deskriptorene av nevnte første klasse og, overensstemmelsesfeil-type for hver overensstemmelsesfeil, og de avskårne baser,hvor å kode nevnte klassifiserte alignede reads som en multiplisitet av lag av syntakselementer, omfatter å velge ut nevnte syntakselementer omfattende nevnte deskriptorer i henhold til nevnte klasser av alignede reads,hvor kodingen av nevnte klassifiserte alignede reads som en multiplisitet av lag av syntakselementer er tilpasset i henhold til de statistiske egenskaper av nevnte utvalgte syntakselementer,hvor kodingen av nevnte klassifiserte alignede reads som en multiplisitet av lag av syntakselementer omfattende nevnte deskriptorer assosierer en spesifikk kildemodell og en spesifikk entropikoder til hvert lag, idet kildemodellen er karakterisertved definisjonen av syntakselementene som emitteres av hver kilde, definisjonen av en assosiert sannsynlighetsmodell og definisjonen av den assosierte entropikoder, hvor det er dekomposisjon av sekvens-read-dataene og -metadataene til homogene lag av nevnte deskriptorer for å oppnå distinkte informasjonskilder med redusert informasjonsentropi.2. Fremgangsmåte ifølge krav 1, hvor nevnte lag av syntakselementer videre omfatter posisjonen av en variant i forhold til referansesekvensen, typen av variant, posisjonen av en delesjon i forhold til referansesekvensen, posisjonen av ett eller flere symboler som ikke er til stede i referansesekvensen, men til stede i de alignede reads, typen av insersjon på en gitt posisjon.3. Fremgangsmåte ifølge krav 1, hvor nevnte entropi-koder er en kontekst-adaptiv aritmetisk koder.4. Fremgangsmåte for dekomprimering av en genomisk strøm som er komprimert ifølge fremgangsmåten ifølge krav 1, idet nevnte fremgangsmåte omfatter trinnene av: - å parse og dekode (212-214) den komprimerte genomiske strøm til genomiske lag av syntakselementer (215),- å dekode nevnte genomisk lag til klasser av data (216-217),- å ekspandere nevnte genomiske lag til klassifiserte reads av sekvenser av nukleotider, selektivt å dekode, under anvendelse av klassedekodere (219), nevnte klassifiserte reads av sekvenser av nukleotider og å slå sammen resultatet på én eller flere referansesekvenser for på den måte å produsere ukomprimerte reads av sekvenser av nukleotider.5. Genomisk koderinnretning (2010) for komprimeringen av genomsekvensdata (209), idet nevnte genomsekvensdata (209) omfatter reads av sekvenser av nukleotider, idet nevnte genomiske koder (2010) omfatter:- en aligner-enhet (201), som er konfigurert til å aligne nevnte reads med én eller flere referansesekvenser, idet det derved skapes alignede reads,- en dataklassifiseringsenhet (204), som er konfigurert til å klassifisere nevnte alignede reads til forskjellige klasser, som i det minste omfatter:- en første klasse: når nevnte alignede reads stemmer overens med nevnte ene eller flere referansesekvenser uten noen som helst feil;- en andre klasse: når nevnte alignede reads stemmer overens med et område i nevnte ene eller flere referansesekvenser med et antall overensstemmelsesfeil som dannes av et antall posisjoner i hvilke sekvenseringsmaskinen ikke var i stand til å navngi en hvilken som helst base;- en tredje klasse: når nevnte alignede reads stemmer overens med et område i nevnte ene eller flere referansesekvenser med et antall overensstemmelsesfeil som dannes av et antall posisjoner i hvilke sekvenseringsmaskinen ikke var i stand til å navngi en hvilken som helst base eller den navnga en annerledes base enn den som var rapportert i referansegenomet;- en fjerde klasse: når nevnte alignede reads stemmer overens med et område i nevnte ene eller flere referansesekvenser med et antall overensstemmelsesfeil som dannes av et antall posisjoner i hvilke sekvenseringsmaskinen ikke var i stand til å navngi en hvilken som helst base; eller den navnga en forskjellig base enn den som ble rapportert i referansegenomet og ved tilstedeværelse av insersjoner eller delesjoner eller avskårne nukleotider; - en femte klasse: når nevnte alignede reads ikke finner noen gyldig mapping på nevnte ene eller flere referansesekvenser i henhold til spesifiserte alignmentbegrensninger, idet det derved skapes klasser av alignede reads;- én eller flere lag-kodeenheter (205-207), som er konfigurert til å kode nevnte klassifiserte alignede reads som lag av syntakselementer ved å velge nevnte syntakselementer i henhold til nevnte klasser av alignede reads, hvor nevnte deskriptorer omfatter for nevnte første klasse i det minste startposisjonen på referansesekvensen, et flagg som signalerer hvis readen skal betraktes som et reverskomplement i forhold til referansen, en avstand til det overensstemmende par i tilfelle parede reads, verdien av lengden i tilfelle sekvenseringsteknologien produserer reads av variabel lengde, idet nevnte deskriptorer omfatter for nevnte andre klasse i det minste deskriptorene av nevnte første klasse og en overensstemmelsesfeil-posisjon for hver overensstemmelsesfeil, idet nevnte deskriptorer omfatter for nevnte tredje klasse deskriptorene av nevnte andre klasse og en overensstemmelsesfeil-posisjon og en overensstemmelsesfeil-type for hver overensstemmelsesfeil, idet nevnte deskriptorer omfatter for nevnte fjerde klasse deskriptorene av nevnte første klasse og en overensstemmelsesfeil-type for hver overensstemmelsesfeil og de avskårne baser; - entropi-koderenheter (2012-2014) for entropi-koding av nevnte lag av syntakselementer,hvor kodingen av nevnte klassifiserte alignede reads som en multiplisitet av lag av syntakselementer er tilpasset i henhold til de statistiske egenskaper av dataene som bæres av laget,hvor kodingen av nevnte klassifiserte alignede reads som en multiplisitet av lag av syntakselementer omfattende nevnte deskriptorer assosierer en spesifikk kildemodell og en spesifikk entropikoder til hvert lag, idet kildemodellen er karakterisertved definisjonen av syntakselementene som emitteres av hver kilde, definisjonen av en assosiert sannsynlighetsmodell og definisjonen av den assosierte entropikoder, hvor det er dekomposisjon av sekvens-read-dataene og -metadataene til homogene lag av nevnte deskriptorer for å oppnå distinkte informasjonskilder med redusert informasjonsentropi. 6. Genomisk dekoderinnretning (218) for dekomprimeringen av en genomisk strøm (211) som er komprimert av den genomiske koder ifølge krav 5, idet nevnte genomiske dekoder (218) omfatter:- parsings- og dekodingsmiddel (210, 212-214) som er konfigurert til å parse nevnte komprimerte genomiske strøm til genomiske lag av syntakselementer (215),- én eller flere lag-dekodere (216-217), som er konfigurert til å dekode de genomiske lag til klasser av data, og videre konfigurert til å forarbeide nevnte genomiske lag til klassifiserte reads av sekvenser av nukleotider (2111),- genomiske dataklasser-dekodere (213), som er konfigurert til selektivt å dekode nevnte klassifiserte reads av sekvenser av nukleotider og konfigurert til å slå sammen resultatet på én eller flere referansesekvenser for på den måte å produsere ukomprimerte reads av sekvenser av nukleotider.7. Genomisk dekoder-innretning ifølge krav 6, hvor den ene eller de flere referansesekvenser lagres i den komprimerte genomiske strøm (211).8. Genomisk dekoder-innretning ifølge krav 6, hvor den ene eller de flere referansesekvenser tilveiebringes til dekoderen via en out-of-band-mekanisme.9. Genomisk dekoder-innretning ifølge krav 6, hvor den ene eller de flere referansesekvenser bygges i dekoderen.10. Datamaskinlesbart medium som omfatter anvisninger som når de utføres, bevirker at i det minste én prosessor utfører fremgangsmåten ifølge et hvilket som helst av kravene 1 til 4.
Hva betyr A1, B, B1, C osv? info

Klasser info chevron_right

IPC-klasse

G16B 50/50  

Innehaver(e) info chevron_right

Innehaver i EP:
Genomsys SA
Fondation EPFL Innovation Park Batiment C 1015 Lausanne CH

Oppfinner(e) info chevron_right

ZOIA, Giorgio
Chemin des Croix-Rouges 10 1007 Lausanne CH
RENZI, Daniele
Chemin de Champrilly, 26 1004 Lausanne CH

Fullmektig info chevron_right

Fullmektig i Norge:
Nordic Patent Service A/S
Bredgade 30 1260 KØBENHAVN K DK
Din referanse: V2306-002-NO
Fullmektig i EP:
Metroconsult Srl
Foro Bonaparte 51 20121 Milano IT

Anførte dokumenter info chevron_right

Anonymous: "CRAM format specification (version 3.0)", , 8 September 2016 (2016-09-08), XP002771305, Retrieved from the Internet: URL:https://samtools.github.io/hts-specs/C RAMv3.pdf [retrieved on 2017-06-22] (B1)

US-A1- 2015 227 686 (B1)

Anonymous: "SAM", , 11 March 2015 (2015-03-11), XP002771304, Retrieved from the Internet: URL:https://web.archive.org/web/2015031104 5750/http://davetang.org/wiki/tiki-index.p hp?page=SAM [retrieved on 2017-06-22] (B1)

Sakshistorikk info chevron_right

Statushistorie

Liste over statusendringer i sakshistorikk
Hovedstatus Beslutningsdato, detaljstatus
EP patent gjort gjeldende i Norge EP patent besluttet gjeldende i Norge
EP under behandling Forespørsel om å gjøre EP patent gyldig er mottatt

Korrespondanse

expand_more file_download  
Liste over sakshistorikk og korrespondanse
Dato Type korrespondanse Journal beskrivelse
Innkommende EP Publiseringsdokument fra EPO
17-01 EP Publiseringsdokument fra EPO EP Publiseringsdokument fra EPO
Innkommende EP Publiseringsdokument fra EPO
16-01 EP Publiseringsdokument fra EPO EP Publiseringsdokument fra EPO
Innkommende EP Publiseringsdokument fra EPO
15-01 EP Publiseringsdokument fra EPO EP Publiseringsdokument fra EPO
Innkommende EP Publiseringsdokument fra EPO
14-01 EP Publiseringsdokument fra EPO EP Publiseringsdokument fra EPO
Innkommende EP Publiseringsdokument fra EPO
13-01 EP Publiseringsdokument fra EPO EP Publiseringsdokument fra EPO
Innkommende EP Publiseringsdokument fra EPO
12-01 EP Publiseringsdokument fra EPO EP Publiseringsdokument fra EPO
Innkommende EP Publiseringsdokument fra EPO
11-01 EP Publiseringsdokument fra EPO EP Publiseringsdokument fra EPO
Innkommende EP Publiseringsdokument fra EPO
10-01 EP Publiseringsdokument fra EPO EP Publiseringsdokument fra EPO
Utgående EP Varsel om betaling av første årsavgift (3319) (PTEP3526711)
08-01 Via Altinn-sending EP Varsel om betaling av første årsavgift (3319) (PTEP3526711)
Innkommende EP Publiseringsdokument fra EPO
09-01 EP Publiseringsdokument fra EPO EP Publiseringsdokument fra EPO
Innkommende EP Publiseringsdokument fra EPO
07-01 EP Publiseringsdokument fra EPO EP Publiseringsdokument fra EPO
Innkommende EP Publiseringsdokument fra EPO
06-01 EP Publiseringsdokument fra EPO EP Publiseringsdokument fra EPO
Innkommende EP Publiseringsdokument fra EPO
05-01 EP Publiseringsdokument fra EPO EP Publiseringsdokument fra EPO
Innkommende EP Publiseringsdokument fra EPO
04-01 EP Publiseringsdokument fra EPO EP Publiseringsdokument fra EPO
Utgående EP Registreringsbrev (3210) (PTEP3526711)
03-01 Brev UT EP Registreringsbrev (3210) (PTEP3526711)
Innkommende, AR557944769 Søknadsskjema Patent
01-01 Søknadsskjema Patent Søknadsskjema Patent
01-02 Annet dokument PDF_557944769
01-03 EP Krav V2306-002-NO Claims
01-04 Fullmakt v2306-002-NO POA
Innkommende EP Publiseringsdokument fra EPO
02-01 EP Publiseringsdokument fra EPO EP Publiseringsdokument fra EPO
Informasjon om ikke tilgjengelige dokumenter

Betaling info chevron_right

Til betaling:

Beskrivelse Forfallsdato Beløp Status
Årsavgift expand_less Ikke betalt
Årsavgift 10. avg. år (EP) 4160,0 Totalbeløp 4160,0   Gå til betaling

Betalingshistorikk:

Liste av betalinger
Beskrivelse / Fakturanummer Betalingsdato Beløp Betaler Status
Årsavgift 9. avg. år (EP) 2024.10.29 3710 PATRIZIA MARGHERITA LOTTE PFEFFER Betalt og godkjent
Årsavgift 8. avg. år (EP) 2023.10.20 2550 1/EUROPEAN PATENT ANNUITY SERVICE, Betalt og godkjent
32307628 expand_more 2023.06.26 5580 Nordic Patent Service A/S Betalt
Denne oversikten kan mangle informasjon, spesielt for eldre saker, om tilbakebetaling, internasjonale varemerker og internasjonale design.

Publikasjon(er) info chevron_right

Lenker til publikasjoner og Norsk Patenttidende (søkbare tekstdokumenter)

Oversettelse av europeisk patentskrift
Allment tilgjengelig patentsøknad
Norsk Patenttidende - ved meddelelse
Nye digitale Norske Tidende, nyhet om tjenesten ved lansering
Om Norske Tidende
Hva betyr A1, B, B1, C osv? info
Kapitler uten data er fjernet. Melding opprettet: 01.05.2025 06:35:50